Ab 1522 war Neuburg Residenzstadt des Fürstentum später Pfalz-Neuburg. Nach Erlöschen der bayerischen Linie der Wittelsbacher wurde 1777 /78 unter Karl Theodor aus der Neuburger Nebenlinie Pfalz-Sulzbach ein Großteil der wittelsbachischen Länder vereinigt. Pfalz-Neuburg wurde in Personalunion mit Bayern regiert, blieb zwar bis 1802 formal als Fürstentum mit Landschaft und Regierung in Neuburg bestehen, wurde jedoch 1799 zur Provinz Neuburg erklärt. Die Konstitution von 1808 beendete die Eigenstaatlichkeit. Die Präsenz der Regierung schlug sich über Jahrhunderte in einer wenig ausgeprägten Kommunalverwaltung nieder.
Entsprechend gering und lückenhaft gestaltet sich die Überlieferung. Zusätzlich sind im 17. und 18. Jh. Kriegsverluste zu konstatieren.
Urkunden sind, bis auf wenige Ausnahmen, nur in Abschriften (Kopialbuch) vorhanden, die Ratsprotokolle setzen (mit großen Lücken)
erst Anfang des 17. Jh. ein. Steuer-und Bürgerbücher fehlen gänzlich. Auch der Aktenbestand fällt vor Ende des 18. Jahrhunderts lückenhaft aus. Quantitativ und qualitativ zufriedenstellend ist die Überlieferung der kommunalen Gremien und der Verwaltung im 19. Jh. bis in die 1920er Jahre. Durch die gezielte Vernichtung von Verwaltungsschriftgut im Frühjahr 1945 und einen Brand im Rathaus weitgehend verloren sind Unterlagen zwischen 1933 und 1946.

Ähnliches gilt für die Registraturen der ehemals selbständigen Gemeinden, heute Neuburger Ortsteile (Bergen, Bittenbrunn, Bruck, Feldkirchen, Heinrichsheim, Joshofen, Ried, Zell). Personenstandsunterlagen der Standesämter Neuburg bzw. der Ortsteile können nach Ablauf der Schutzfristen eingesehen werden. Die Überlieferung der Kommunalverwaltungen wird ergänzt durch Unterlagen von Stiftungen und Sammlungen.

Um der Pluralität des politischen, wirtschaftlichen, sozialen und kulturellen Lebens in der Stadt Rechnung zu tragen, wird die behördliche Überlieferung durch die Sammlung nichtamtlicher Dokumente ergänzt.

Genauere Informationen zur Struktur des Bestandes  finden Sie hier. Online-Recherchen in der Datenbank sind für die folgenden Bestände möglich: Bände, Akten, Pläne. Neben einer Auswahl an Fotografien können sie in Personenstandsunterlagen (Namensregister Standesamt Neuburg), Adressbüchern (Auswahl) und Magistrats·/ Stadtratsprotokollen (Auswahl)  rerechieren.